يُرجَّح أن فيروس نقص المناعة البشرية نشأ نتيجة انتقال عبر الأنواع من فيروسات نقص المناعة لدى الرئيسيات؛ إذ يُعتقد أن السلالات الرئيسة انتقلت من فيروسات نقص المناعة لدى الشمبانزي إلى الإنسان لتُكون ما يُعرَف الآن بفيروس نقص المناعة البشرية نوع 1، بينما ارتبطت سلالات أخرى بانتقال من قرد المانغابي الداكن لتُكوّن ما يُعرَف بفيروس نقص المناعة البشرية نوع 2. هذه الفرضية تفسر تشابهات التركيب الجيني والآليات المرضية بين فيروسات نقص المناعة في الرئيسيات وفي البشر، وتُستخدم كأساس لفهم تاريخ انتشار الفيروس ودور التلامس القريب بين الإنسان والحيوانات في ظهور أوبئة جديدة.